Согласно имеющимся историческим данным, церковь евангельских христиан-баптистов в г. Екатеринодаре (ныне г. Краснодар) зародилась в 1907 г. Именно в этом году было совершенно первое водное крещение группы уверовавших. Это произошло после того, как группа верующих из Ростова стала посещать Екатеринодар. Они проводили евангелизационные собрания в 1903-1906 гг. Все это стало возможным благодаря поддержке графини Чертковой Е.И. из Санкт-Петербурга, на средства которой были посланы эти группы. Она была уроженкой г. Екатеринодара и, уверовав в Господа, возревновала о своей родине. После этого начались регулярные собрания верующих. Несмотря на многие трудности и переживания, группа стала постепенно расти — многие души приходили к Богу.

Далее церковь вошла в состав Российского Союза евангельских христиан-баптистов в г. Москве, организованного в 1867 году. В первые годы собрания проходили в разных местах города Екатеринодара в частных домах: по ул. Базовской, Красноармейской, Длинной, по улице Борзиковской (ныне Коммунаров) вплоть до 1919 года. На углу улиц Горького и Красной верующие собирались с 1922 года, а затем, в 40-х годах — в двухэтажном доме по улице Садовая. До 1917 году церковь насчитывала не более 50 человек. В 20-е годы выросла до 200 человек. Массовые гонения на церковь последовали после принятия положения «О религиозных организациях» в 1929 году. Это было очень трудное время. Многие члены церкви были арестованы, и церковь перешла фактически на нелегальную деятельность. Это были годы особых переживаний и испытаний на верность Господу. Все это время у церкви не было определенного Дома молитвы, и связь между верующими поддерживалась на личном уровне. И только во время Великой Отечественной Войны у верующих появилась возможность собираться на богослужения. В 1943 году на улице Ленина в здании еврейской синагоги вновь легально стали совершаться богослужения евангельских христиан-баптистов. А в 1949 году церковь приобрела свой дом по улице Краснохуторской (ныне ул. Рылеева, 213). Позже этот дом был переустроен в более удобный и большой Дом молитвы. В этом доме церковь собиралась вплоть до 1998 года и возросла до 1000 человек. С 1990 года по 1998 год шло строительство нового Дома молитвы, который впоследствии был назван «Ковчег». Он находится по улице Калинина, 352. Строительство нового Дома молитвы шло ровно 7 лет и 7 месяцев. Это было время особых Божиих благословений, которые переживала вся Церковь. Строили своими силами, много было трудностей, но Господь благословил и являл много чудес во время строительства. 6 сентября 1998 года церковь перешла в новый Дом молитвы, и в этот же день было совершено его освящение. На этом празднике было много гостей, приглашенных из разных городов и станиц, тех, кто помогали своим личным трудом, средствами, молитвами…

Здание Дома молитвы стало прекрасным архитектурным сооружением, которое занесено в путеводитель «Краснодару — 210 лет». В настоящее время у всех желающих есть возможность посетить церковь «Ковчег», двери которой открыты для каждого. Экскурсионные группы школьников и студентов вместе с преподавателями посещают церковь, с целью познакомиться с ее служением, учением и ее деятельностью. В послевоенные годы служение пресвитера несли братья Бурага Павел Иванович, Дубовченко Степан Степанович, затем Дикань Владимир Васильевич. Самым длительным служением было служение Торопова Валерия Васильевича — 18 лет. После него нёс служение пресвитера Вдовенко Анатолий Николаевич.

На данный момент Пресвитерами (Пасторами) Церкви являются Соболев Николай Алексеевич, который осуществляет это служение с 2004 года, Цыганков Борис Павлович, а также Кадацкий Дмитрий Дмитриевич. Сейчас в церкви существует много различных служений. Активно развивается детское, подростковое и молодежное служение, служение людям с ограниченными возможностями, благотворительность, диакония, благовестие, малые или домашние группы, служение вдовам, медиа служение и многие другие служения. В богослужениях участвуют два хора, – основной и молодежный, а во время праздников участвует и детский хор. В церкви очень много талантливых певцов и музыкантов, которые также используют свои дары для служения в церкви. Служение в церкви в настоящий момент осуществляют 6 пресвитеров, 4 регента, 17 диаконов и 30 проповедников, из которых один Доктор богословия и четыре Магистра. Еще десятки студентов обучаются в богословских учебных заведениях.